أما آثاره الفكرية، فيمكن القول إنه لم يكفّ عن العطاء منذ سنة 1946م حيث ألّف أول كتاب له وهو الظاهرة القرآنية، هذا الكتاب الذي كان سبب إسلام الكثير من الغربيين. وتلاه برواية لبيك (1947م) ، وهي رواية فلسفية، ثم شروط النهضة (1948م) ؛ وجهة العالم الإسلامي. وفي عام 1954م أصدر بمناسبة انعقاد مؤتمر باندونج الفكرة الأفروآسيوية (1956م) ومشكلة الثقافة (1959م) والصراع الفكري في البلاد المستعمرة (1960م) وهو أول كتاب كتبه مالك بالعربية مباشرة بخلاف معظم كتبه التي ألفها بالفرنسية، وترجمها إلى العربية المفكر الإسلامي المصري الدكتور عبدالصبور شاهين، حيث تعتبر هذه الترجمات الجسر الأول الذي نقل مالك بن نبي إلى عقول قرَّاء العربية. وفي عام 1960م كتب أيضًا كتابه فكرة كومنولث إسلامي؛ ميلاد مجتمع (1962م) ؛ إنتاج المستشرقين وأثره في الفكر الإسلامي (1969م) ؛ مشكلة الأفكار في العالم الإسلامي؛ مذكرات شاهد القرن (1970م) ؛ المسلم في عالم الاقتصاد (1972م) . ونشر له بعد وفاته دور المسلم ورسالته في القرن العشرين (1977م) ؛ بين الرشاد والتيه (1978م) .
ولمالك بن نبي آثار فكرية لم تطبع وهي في صورة مخطوطات مثل: خطاب مفتوح لخروتشوف وأيزنهاور؛ دولة مجتمع إسلامي؛ مذكرات شاهد القرن (القسم الثالث) ؛ العلاقات الاجتماعية وأثر الدين فيها؛ المشكلة اليهودية؛ اليهودية أم النصرانية؛ دراسة حول النصرانية؛ مجالس دمشق (مجموعة محاضرات باللغة العربية) ؛ مجالس تفكير (محاضرات كان يلقيها في منزله في الجزائر) .