أما المناخ فيتسم بوجود ثلاثة فصول إذ يكون الطقس حارًا جافًا من مارس حتى مايو، ويكون حارًا ممطرًا من يونيو حتى أكتوبر، ويكون باردًا جافًا من نوفمبر إلى فبراير. وتبلغ الحرارة السنوية ما بين 27°م و29°م، في معظم أنحاء القطر. ولكن قد تزداد درجات الحرارة قليلًا عن 38°م خلال مارس ويونيو. وفي المناطق الصحراوية ترتفع درجات الحرارة أثناء النهار إلى 43ْم. ويبلغ متوسط الأمطار حوالي 25سم في السنة في المناطق الصحراوية، بينما يصل إلى نحو 89سم في السنة في جنوب مالي.
أرض حشائش واسعة تمتد في معظم جنوب مالي. وهذه المنطقة أمطارها غزيرة، ويوجد فيها العديد من الحيوانات التي تضم الأفيال والزراف والأسود.
الحياة النباتية والحيوانية. تكثر الحيوانات البرية في جنوب مالي حيث توجد الأفيال والغزلان وأبقار الوحش والزراف والضباع والنمور والأسود. كما توجد التماسيح وأفراس البحر في مناطق الأنهار.
وتتنوع الحياة النباتية في مالي وتكثر الأشجار من نوع سلسلدرة وكرايت ونير. وتوجد في السهل أشجار التبلدي والنخيل وبلميرا، كما توجد أيضًا أشجار الطلح والكرام كرام والسنط وغيرها من الشجيرات الشوكية. وتقل النباتات في الشمال الصحراوي من البلاد.
مزارعون في مالي بعد الحصاد يجمعون ويحزمون قصب الدخن ليجف تحت الشمس. ويعتبر الدخن من أهم المحاصيل الغذائية في هذا القطر الواسع في غربي إفريقيا.