وعندما عادت السيدة رقية إلى مكة كانت أمها خديجة قد لقيت ربها، فحزنت عليها أشد الحزن، ثم ما لبثت أن هاجرت إلى المدينة بعد أن هاجر زوجها عثمان من قبل.

ولدت رقية من عثمان ابنها عبد الله وبه كان يكنى، ولما بلغ ست سنوات نَقَرَهُ ديكُ في وجهه، فطمر وجهه فمات، وكانت رقية قد أسقطت قبله سقطًا وقت هجرتها الأولى، ولم تلد بعد ذلك.

وتجهز المسلمون لأول معركة مع الكفر في بدر، وتمنَّى عثمان أن يكون مع المجاهدين، ولكن زوجته كانت تعالج سكرات الموت بعد مرض شديد -قيل إنه الحصبة- إثر حزنها الشديد على وفاة ولدها، ولذلك أذن الرسول صلى الله عليه وسلم لعثمان بالتخلف ليكون إلى جوارها يطببها، ولكنها ما لبثت أن لبت نداء ربها في شهر رمضان من السنة الثانية للهجرة، وكانت أولى بنات النبي صلى الله عليه وسلم موتًا، عَنِ ابْنِ عَبَّاسٍ قَالَ لَمَّا مَاتَ عُثْمَانُ بْنُ مَظْعُونٍ قَالَتِ امْرَأَةٌ هَنِيئًا لَكَ يَا ابْنَ مَظْعُونٍ بِالْجَنَّةِ. قَالَ فَنَظَرَ إِلَيْهَا رَسُولُ اللَّهِ -صلى الله عليه وسلم- نَظْرَةَ غَضَبٍ فَقَالَ لَهَا «مَا يُدْرِيكِ فَوَاللَّهِ إِنِّى لَرَسُولُ اللَّهِ وَمَا أَدْرِى مَا يُفْعَلُ بِى» . قَالَ عَفَّانُ «وَلاَ بِهِ» . قَالَتْ يَا رَسُولَ اللَّهِ فَارِسُكَ وَصَاحِبُكَ. فَاشْتَدَّ ذَلِكَ عَلَى أَصْحَابِ رَسُولِ اللَّهِ -صلى الله عليه وسلم- حِينَ قَالَ ذَلِكَ لِعُثْمَانَ وَكَانَ مِنْ خِيَارِهِمْ حَتَّى مَاتَتْ رُقْيَةُ ابْنَةُ رَسُولِ اللَّهِ -صلى الله عليه وسلم- فَقَالَ: «الْحَقِى بِسَلَفِنَا الْخَيْرِ عُثْمَانَ بْنِ مَظْعُونٍ» . قَالَ وَبَكَتِ النِّسَاءُ فَجَعَلَ عُمَرُ يَضْرِبُهُنَّ بِسَوْطِهِ فَقَالَ النَّبِىُّ -صلى الله عليه وسلم- لِعُمَرَ «دَعْهُنَّ يَبْكِينَ وإيَاكُنَّ وَنَعِيقَ الشَّيْطَانِ» .

ثُمَّ قَالَ رَسُولُ اللَّهِ -صلى الله عليه وسلم- «مَهْمَا يَكُنْ مِنَ الْقَلْبِ وَالْعَيْنِ فَمِنَ اللَّهِ وَالرَّحْمَةِ وَمَهْمَا كَانَ مِنَ الْيَدِ وَاللِّسَانِ فَمِنَ الشَّيْطَانِ» . وَقَعَدَ رَسُولُ اللَّهِ -صلى الله عليه وسلم- عَلَى شَفِيرِ الْقَبْرِ وَفَاطِمَةُ إِلَى جَنْبِهِ تَبْكِي فَجَعَلَ النَّبِىُّ -صلى الله عليه وسلم- يَمْسَحُ عَيْنَ فَاطِمَةَ بِثَوْبِهِ رَحْمَةً لَهَا."أحمد (3158) حسن."

ودفنت - رضي الله عنها - بالبقيع.