محاكم التفتيش هي: هيئات أنشأتها الكنيسة الرومانية الكاثوليكية للقبض على من سموهم المهرطقين والمارقين يعني: (الأشخاص المعارضين لتعاليم الكنيسة) ومحاكمتهم.

أقيمت محاكم التفتيش في كثير من أجزاء أوروبا، ولكن محكمة التفتيش الأسبانية هي الأكثر شهرة، وأشهرها تلك المحاكم التي أقامها فرديناند الخامس وزوجته إيزابيللا للتجسس على أهل الأندلس الذين فرضت عليهم النصرانية وقد نكلت بالمسلمين بوحشية.

وفي عام (1231) م أنشأ البابا جريجوري التاسع محكمة خاصة للتحقيق مع المتهمين، وإجبار المارقين على تغيير معتقداتهم.

وفي عام (1542) م تولت لجنة الكرادلة التابعة للمكتب البابوي عملية التحقيق وعمل رهبان من الدومينيكان والفرنسيسكان قضاة في تلك الهيئات.

كثرت محاكم التفتيش في فرنسا، وألمانيا، وإيطاليا، وأسبانيا.

ونظرًا لأن المحققين يقومون بأعمالهم سرًا فكثيرًا ما أساؤوا استخدام سلطاتهم وعذب بعض المتهمين،