3.يتبع المجلس العام في الهيكل التنظيمي ثلاثة مجالس فرعية الأول،

مجلس شؤون التجارة في السلع، ويختص بالإشراف على تسيير الأمور المتعلقة بالتجارة في السلع وفقا للاتفاقيات التجارية متعددة الأطراف، وهي اتفاق الزراعة، واتفاق تطبيق تدابير الصحة والصحة النباتية واتفاق المنسوجات والملابس. واتفاق القيود الفنية أمام التجارة، واتفاق إجراءات الاستثمار المتصلة بالتجارة، واتفاق تطبيق المادة السادسة من جات 44 والمتعلقة بمكافحة الإغراق، واتفاق تطبيق المادة السابعة من جات 14 والمتعلقة بتقدير القيمة للأغراض الجمركية، واتفاق الفحص قبل الشحن، واتفاق قواعد المنشأ، واتفاق إجراءات تراخيص الاستيراد، واتفاق الدعم والإجراءات التعويضية، واتفاق الوقاية. هذا إضافة إلى جهاز مراقبة المنسوجات، وفرق عمل عن التجار المشروعات الحكومية، والتجارة في منتجات تكنولوجيا المعلومات. أما الثاني فهو مجلس شؤون التجارة في الخدمات، ويختص بالإشراف على تسيير الأمور المتعلقة بالتجارة الدولية في الخدمات، وبصفة خاصة تطبيق الاتفاق العام للتجارة في الخدمات. ويتبع هذا المجلس لجان متنوعة من التجارة في الخدمات المالية، ومراجعة الالتزامات المحددة، وفرق عمل عن الإجراءات والتنظيمات المحلية، وقواعد التجارة في الخدمات. أما المجلس الثالث فهو مجلس شؤون الجوانب المتصلة بالتجارة في حقوق الملكية الفكرية ويختص بالإشراف على كافة الأمور ذات الصلة باتفاق حقوق الملكية