الفحوص السريرية والطفيلية في اليوم الثالث والسابع والرابع عشر وتستخدم المعايير السريرية والطفيلية لتصنيف الاستجابة للمعالجة على انها اما استجابة سريرية كافية أو اخفاق علاجي مبكر من اليوم الأول إلى اليوم الثالث، أو إخفاق علاجي متأخر من اليوم الرابع إلى اليوم الرابع عشر، وعن طريق سلسلة من الحلقات العملية الإقليمية والبلدانية التي تنظمها المنظمة ثم تكييف البروتوكول الأساس خاصة وفقًا لظروف المناطق التي يتسم فيها معدل الانتقال أما بالانخفاض أو الاعتدال.
وتشمل التعديلات التي أجريت تسجيل المرضي من جميع الفئات العمرية، والمعالجة القامة على معاودة ظهور الطفيليات في الدم ومتابعة المرضي حيت اليوم الثامن والعشرين.
ونظرًا ملا يستلزمه التقييم الروتيني (النمطي) لنجاعة الأدوية من رصد للنجاعة العلاجية، فأنه يجب إدراج هذا الرصد في كل لحظة من خطط العمل الخاصة ببرامج مكافحة الملاريا جميعها، ونظرًا لتغير أنماط المقاومة الدوائية، فغنه ينبغي ان يجري على فترات منتظمة (كل عامين مثلًا) تقييم نجاعة الخيارات العلاجية المتاحة، أو كلما تزايدت أعداد البلاغات السريرية عن عدم جدي الأدوية في العلاج وينتظر ان تساعد نسبة حالات الفشل العلاجي المبكر والمتأخر بعد المعالجة الخاضعة للإشراف، واضعي السياسات عليا لبت في ما إذا كان يتعين تحديث الدلائل الإرشادية لمعالجة الملاريا ام لا.
ونظرًا ملا يتسم به رصد النجاعة العلاجية من تعقد فإنه يحتاج إلى خبرة تقنية خاصة (نوعية) ، وإزاء ما يتطلبه الاختبار حاليًّا فإن موظفي الخدمات الصحية العامة الذين لا يخضعون لقدر كبير من الإشراف لا يستطاعون القيام به، ومع ذلك يمكن استخدام البروتوكول لتدريب موظفي البرامج الوطنية لمكافحة الملاريا على طرائق البحوث الميدانية ويمكن استخدام البرتوكول النواة في التجارب الميدانية على الأدوية المضادة للملاريا أو توليفات هذه الأدوية وينبغي كلما أمكن إدراج الملاحظات الأساسية داخل التجارب السريرية الجدية حيت يتسنى استخدام النتائج لرصد النجاعة العلاجية.