لا بد لكل هيئة رقابة شرعية أن تعتمد مرجعية شرعية لأعمالها حتى تكون على أساس سليم ومنهج واضح، وقد قررت هيئة الرقابة الشرعية للبنك الإسلامي الفلسطيني مرجعيتها كما يلي:[تحديد المرجعية والمعايير والضوابط الشرعية المعتمدة في البنك الإسلامي الفلسطيني: وقد تقرر أن المرجعية الشرعية في البنك تتمثل في:

1.ما تعتمده هيئة الرقابة الشرعية للبنك وما يصدر عنها من قرارات وتوجيهات.

2.معايير هيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية والإسلامية في البحرين.

3.فتاوى وقرارات وتوصيات الندوات والمجامع والملتقيات الفقهية في ضوء ما تعتمده هيئة الرقابة الشرعية للبنك] . محضر اجتماع الهيئة رقم (2/ 2009) بتاريخ 2\ 4\2009 م.

4.... ترجع الهيئة فيما تصدره من فتاوى وقرارات إلى المقاصد العامة للشريعة الإسلامية وقواعدها الكلية وأحكامها الجزئية المستمدة من الكتاب والسنة دون التقيد بمذهب معين.

وقد ورد هذا البند في قرار الهيئة في محضر اجتماعها رقم (4) بتاريخ 4/ 6/2009 م حيث تمت المصادقة على المقترح المقدم من الأستاذ الدكتور حسام الدين عفانة بخصوص نظام ودليل هيئة الرقابة الشرعية للبنك. وفيما يلي شرح وتوضيح لهذه المرجعية:

إذا دققنا النظر في القرار السابق نجد أن هيئة الرقابة الشرعية للبنك الإسلامي الفلسطيني قد جعلت من مرجعيتها المعايير الشرعية لهيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية والإسلامية في البحرين AAOIFI، وهذه المعايير في الحقيقة والواقع تعتبر أهم الضوابط الشرعية لعمل المصارف الإسلامية في وقتنا الحاضر، ويعد الالتزام بالمعايير الشرعية الصادرة من هيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية والإسلامية من عناصر التزام أي بنك إسلامي بالضوابط الشرعية في أعماله. حيث إن هذه المعايير معتمدة في 90% من المصارف والمؤسسات المالية الإسلامية على مستوى العالم، كما صرح بذلك أمين هيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية الدكتور محمد نضال الشعار لصحيفة «الشرق الأوسط» وأضاف أنه كان من نتائج وضع معايير منظمة للعمل المصرفي الإسلامي، أنها ساهمت بشكل أو بآخر في تطور ونمو الصناعة المصرفية الإسلامية على المستوى العالمي، إلى جانب التوفيق بين الهيئات الشرعية العاملة في البنوك والمصارف والمؤسسات المالية الإسلامية، مما ساهم في توضيح وتبسيط بعض المسائل الخلافية في الفقه الإسلامي.

ويقوم بإعداد هذه المعايير المجلس الشرعي في الهيئة والمؤلف من 16 عالمًا وشيخًا بعضهم يمثل المصارف وبعضهم لديه خبرته ومكانته في الصناعة المالية الإسلامية، وهم من خيرة المشايخ المتخصصين في أمور الاقتصاد المالي