ــ كتاب اختصار الحاوي للرازي ؛
ــ كتاب التجربتين على أدوية بن وافد.
وإضافةً إلى هذه المصنفات العلمية، فقد كتب ابن باجة عددًا من الشروحات والمؤلفات الفلسفية، ومن أشهرها:
ــ"رسالة الوداع"؛
ــ"رسالة تدبير المتوحد"؛
توجد مؤلفات ابن باجة في عدد من المكتبات العالمية مثل أكسفورد، والأسكريال، وبرلين.