واستعمر الفينيقيون مالطة نحو عام 850 ق.م. وقاموا ببناء مدينة في وسط مالطة واستخدموا الموانئ المحمية حول الساحل. وقد بَقيَت هذه المعابد والقبور الفينيقية وبعض الآثار الأخرى. وهناك قائم رخامي عليه نقوش ساعد العلماء على فَكِّ رموز اللغة الفينيقية. وبعد الفينيقيين توالى على مالطة القرطاجنيون واليونان والرومان ثم العرب. وفي نحو عام 60 م تحطّمت سفينة القديس بولس بالقرب من مالطة فمكث في الجزيرة لفترة ثلاثة أشهر قام فيها بشرح الإنجيل للسكان المحليّين الذين أصبحوا فيما بعد نصارى، كما ترك الأغالبة العرب من شمال إفريقيا، والذين قاموا بفتح الجزيرة في عام 870م، أثرًا قويًّا على ثقافة ولغة البلاد. ثم حكم مالطة ملوك نورمنديون من صقلية بعد عام 1091م حين أسّس الكونت روجر النورمندي الحكم النورمندي. وفي عام 1530م قام الإمبراطور الروماني تشارلز الخامس الذي ورث المنطقة حين أصبح ملكًا على أسبانيا، بمنح مالطة، باعتبارها ولاية، إلى أتباع القديس يوحنا. وفي العصور الوسطى كانت الولاية تُمْنَح هدية ردًّا على إسداء خدمات. وكان فُرسان القديس يوحنا يضعون الصليب المالطي شعارًا.
وفي عام 1565م فرض الأتراك حصارًا حول مالطة بقوات بحرية وعسكرية ضخمة. ورغم تفوّق الأتراك عددًا إلا أنّ الفرسان صمدوا لعدة شهور ثم هزموهم في النهاية. وقد سُميت مدينة فاليتا على اسم جين ديلا فاليت القائد الفرنسي الذي قاد دفاع الفرسان ضد الأتراك.
وقد حقق أتباع القديس يوحنا الأمان والرخاء للناس. وخلال فترة حكمهم ـ من 1530 إلى 1798م ـ كان لمالطة اقتصاد حرب كما كان القراصنة يستخدمون الجزر قواعد. كما تمّ تزيين القصور والكنائس التي بُنيت على طراز الباروك بنفائس الفن. وتمّت كذلك تقوية دفاعات مالطة بالتحصينات والقلاع.
وكانت المدن الثلاث كوسبيكوا وسنجليا وفيتوريوزا الواقعة على ميناء فاليتا الكبير مغلقة بوساطة حوائط محصنة.