وفي عام 1798م انتزع الفرنسيون تحت قيادة نابليون بونابرت مالطة من فرسان القديس يوحنا. ثم ثار المالطيون ضدّ الحكم الفرنسي وتلقوا معاونة الإنجليز في ذلك. وبمساعدة القوات الإنجليزية تمّ طرد الفرنسيين خارج مالطة في عام 1800م. وبمحض إرادته قدَّم الشعب المالطي حكم بلاده إلى بريطانيا التي جعلت من مالطة محمية. ولكن بعد معاهدة باريس في 1814م حين تم عقد السلام مع فرنسا أصبحت مالطة إحدى مستعمرات التاج البريطاني. وقام البريطانيون بتطوير مقر قيادتهم العسكرية في البحر المتوسط في مالطة وأسسوا قاعدة بحرية قوية كما أضافوا تحصينات أكثر.
وخلال الحرب العالمية الأولى (1914 - 1918م) خدمت مالطة قاعدة بحرية إستراتيجية لقوات الحلفاء.
وفي عام 1921م منحت بريطانيا مالطة قدرًا من الحكم الذاتي وذلك بعد القلاقل والاضطرابات التي حدثت في عام 1919م. ورغم ذلك كان من شأن الأزمات السياسية في مالطة أن جعلت بريطانيا تسحب السلطة السياسية التي كانت قد منحتها المالطيين. وتم تعليق العمل بدستور مالطة في 1930م بسبب النزاع الذي نشب بين الدولة وبين السلطات الرومانية الكاثوليكية. فقد كانت الدولة غير موافقة على تدخُّل الكنيسة في شؤون الدولة. وأعيد إقرار الدستور في 1932م. ولكن بعد عام أدّى تعاطف الحكومة المالطية مع الإيطاليين إلى دفع بريطانيا إلى تعليق العمل بالدستور مرة أخرى واستعاد الحاكم سلطته الكاملة في 1936م.
وخلال الحرب العالمية الثانية (1939 - 1945م) كانت مالطة تتحكَّم في الممرات البحرية بين إيطاليا وإفريقيا. وكانت الصخور الطبيعية والخلجان العميقة في المستعمرة تُخفي المرافئ وقواعد الغوّاصات.
وكانت الممرات أسفل الأرض تقوم بدور الملاجئ للحماية من القنابل. كذلك كانت الطائرات الحربية التي اتَّخذت لها قواعد في مالطة تقوم بالدفاع عن قوافل السفن.