وعانت المستعمرة من خسائر فادحة نتيجة القصف بالقنابل. وفي عام 1942م قام الملك جورج السادس الإنجليزي بمنح مالطة صليب القديس جورج اعترافًا بشجاعة الشعب المالطي وتحمُّلِه أثناء الحرب. وفي عام 1953م أقامت منظمة حلف شمال الاطلسي مقرَّها العسكري في البحر المتوسط في مالطة. انظر: حلف شمال الأطلسي.
ومنح دستور عام 1947م المستعمرة زيادة في الحكم الذاتي. وتمكّن حزب العمل المالطي من السيطرة على البرلمان رغم أنّه سرعان ما خسرها نتيجة الشِّقاق بين صفوفه. وفي عام 1955م اقترح حزب العمل الذي عاد إلى السلطة الاندماج مع المملكة المتّحدة. وجرى استفتاء في عام 1956م صوّت فيه معظم المالطيين لصالح الاندماج رغم أن الكثيريين قد قاطعوا ذلك الاستفتاء.
وتمّ إعداد قانون في برلمان المملكة المتّحدة ينصُّ على إقامة حكومة محلية في مالطة ومنحها عضوية ثلاثة أعضاء في مجلس العموم البريطاني. ولم يحدث تقدّم أكثر من ذلك لأنّ المالطيين أرادوا ضمانات بالعمل في الترسانات البحرية.
وقد أدَّى هذا إلى تعليق العمل بالدستور في عام 1958م كما أدَّى إلى بداية حركة الاستقلال، وفي 1962م تمّ الاتفاق على دستور يَنُصُّ على أنّ المستعمرة قد أصبحت دولة ذات حكمٍ ذاتيّ داخلي تُعرف بدولة مالطة. واحتفظت المملكة المتّحدة بمسؤولية الدِّفاع والشؤون الخارجية.