توفي في القاهرة سنة 687، وعندما حضرته الوفاة -وكان من أبناء الثمانين- مرض ستة أيام مرضًا شديدًا فحاول الأطباء معالجته بالخمر فقال: لا ألقى الله تعالى وفي جوفي شيء من الخمر، رحمه الله تعالى.

وقد أوقف داره وكتبه وكل ما له على المستشفى المنصوري في القاهرة قائلًا: إن شموع العلم يجب أن تضيء بعد وفاتي.

وقد جاء في موسوعة"ويكيبيديا"وصف جيد لأعماله ومكتشفاته, اصطفيت منه ما يلي:

"عام 1242 - أي 639 هجرية - نشر ابن النفيس أكثر أعماله شهرة، وهو كتاب"شرح تشريح قانون ابن سينا"، الذي تضمن العديد من الاكتشافات التشريحية الجديدة، وأهمها نظريته حول الدورة الدموية الصغرى وحول الشريان التاجي، وقد اعتبر هذا الكتاب أحد أفضل الكتب العلمية التي شرحت بالتفصيل مواضيع علم التشريح وعلم الأمراض وعلم وظائف الأعضاء، كما صوّب فيه العديد من نظريات ابن سينا."

بعد ذلك بوقت قصير، بدأ العمل على كتابه"الشامل في الصناعة الطبية، الذي نشر منه 43 مجلد في عام 1244 - أي سنة 641 هجرية - وعلى مدى العقود التالية، كتب 300 مجلد لكنه لم يستطيع نشر سوى 80 مجلدًا فقط قبل وفاته، وبعد وفاته حلّ كتابه هذا محل"قانون"ابن سينا موسوعةً طبية شاملة في العصور الوسطى، مما جعل المؤرخين يصفونه بأنه"ابن سينا الثاني"."

كان ابن النفيس قبل ذلك قد كتب كتابه"شرح الأدوية المركبة"، تعقيبًا على الجزء الأخير من قانون ابن سينا الخاص بالأدوية، وقد ترجمه"أندريا ألباجو"إلى اللاتينية في