فى عام 1980 وتبعًا لانفتاح الاقتصاد السوداني على العالم الخارجي، وفى إطار سياسة الباب المفتوح فقد تم تعديل الهيكل الإداري لبنك السودان ليضم: مجلس إدارة البنك، المحافظ، نائب المحافظ، والمدير العام بالإضافة إلى سبع إدارات هي: النقد الأجنبي والعلاقات الخارجية، القروض والرقابة على المصارف، رئاسة الحسابات والخزينة، السكرتارية والتخطيط، البحوث الاقتصادية والإحصاء، الإدارة القانونية، وإدارة المراجعة. وبالنظر إلى هيكل البنك في عام 1980 يُلاحظ الأهمية النسبية التي وضعت لإدارات البحوث والمراجعة والحسابات والخزينة حيث اعتبرت إدارات أساسية على رأسها مدير إدارة، أما بقية الإدارات فقد تضاءلت أهميتها النسبية في هذا الهيكل، حيث أن إدارتي النقد الأجنبي والعلاقات الخارجية على رأسها مدير إدارة، والقروض والرقابة على المصارف إدارة واحدة برئاسة مدير إدارة، وكذلك الحال لإدارتي الشؤون الإدارية والسكرتارية والتخطيط الإداري. ويرجع تقليص دور إدارتي النقد الأجنبي والعلاقات الخارجية إلى تخلى الدولة عن السياسة التحكمية في حيازة النقد الأجنبي وتبنى سياسة الانفتاح الاقتصادى.

وفي عام 1985 لم يحدث تغيير كبير في هيكل الإدارة العليا للبنك وإنما حدثت زيادة في إدارات البنك وأصبحت تسع إدارات هي: السكرتارية والتخطيط، الشؤون الإدارية، رئاسة الحسابات والخزينة، النقد الأجنبي والعلاقات الخارجية، القروض والرقابة على المصارف، البحوث الاقتصادية والإحصاء، المراجعة، الإدارة القانونية وسوق الأوراق المالية.

وفي عام 1990 أُضيفت وظيفتا النائب الأول للمحافظ ووكيل المحافظ لهيكل الإدارة العليا للبنك، أما إدارات البنك فقد أرتفع عددها إلى أحد عشر إدارة عامة هي: العلاقات الخارجية، النقد الأجنبي، القروض والسلفيات، الرقابة على المصارف، الشؤون الإدارية، السكرتارية والتخطيط، المكتب التنفيذي للسيد/ المحافظ، وإدارة القروض والسلفيات في إطار مواكبة توجه الدولة نحو التحرير الاقتصادي، وقد أدخلت إدارة المؤسسات المالية لتقوم بمراقبة المؤسسات المالية غير المصرفية.

في عام 1994 تم إلغاء وظيفة وكيل المحافظ وتم تقليص إدارات البنك إلى ست إدارات عامة هي: موارد النقد الأجنبي، العمليات المصرفية والإصدار، السياسات والبحوث والإحصاء، الرقابة على المصارف والمؤسسات المالية، المراجعة والتفتيش الإداري، الشؤون الإدارية والمالية. وبموجب ذلك تم دمج إدارتي العلاقات الخارجية والنقد الأجنبي تحت إدارة موارد النقد الأجنبي، ودمجت إدارة الرقابة على المصارف وإدارة المؤسسات المالية تحت مسمى الإدارة العامة للرقابة على المصارف والمؤسسات