المالية، وكذلك تم استحداث إدارة التفتيش الداخلي لتقوم بمراقبة أداء إدارات البنك، وتم دمجها لاحقًا في إدارة المراجعة الداخلية.

في عام 1997 تم استحداث وظيفة وكيل محافظ مرة أخرى، كما تمت زيادة عدد الإدارات إلى تسع إدارات هي: موارد النقد الأجنبي، التدريب، الإصدار، السياسات والبحوث والإحصاء، الرقابة على المصارف والمؤسسات المالية، المراجعة، الشؤون الإدارية، الشؤون المالية، والفرع الرئيسي. وبموجب ذلك فقد تم فصل إدارتي الشؤون الإدارية والشؤون المالية وتم إلغاء إدارة التفتيش الداخلي. وهذا التعديل المستمر أتى في سياق سعى الإدارة العليا المستمر لتعديل الهيكل الإداري للبنك ليلائم ويوائم توجهات الدولة الاقتصادية والسير قدمًا في طريق التحرير الاقتصادي.

في عام 2000 ظل هيكل الإدارة العليا للبنك على ما هو عليه وتم استحداث إدارة عامة جديدة هي الإدارة العامة للتقنية المصرفية وذلك تبعًا للتطورات التقنية والنقلة النوعية في مسيرة بنك السودان المركزي.

ظل الهيكل الإداري لبنك السودان على ما هو حتى توقيع اتفاقية السلام الشامل في يناير 2005، وتبعًا لمقررات البند (14) من بروتوكول قسمة الثروة فقد أصبح الهيكل الإداري للبنك على النحو التالي:

أولًا: مجلس الإدارة:

يتكون مجلس الإدارة من تسعة أعضاء ويرأسه السيد/ المحافظ، ويضم نائبيه وستة أعضاء من ذوى المؤهلات والكفاءات العالية والخبرة ويتم تعيينهم جميعًا من قبل رئيس الجمهورية ويخضع المجلس لإشراف رئاسة الجمهورية، ويتولى مسئولية تنظيم سياسة البنك وإدارة شئونه العامة وأعماله وكذلك إقرار السياسات النقدية والتمويلية وسياسات البنك المركزى الأخرى.

ثانيًا: قطاعات وإدارات البنك وفروعه:

يتكون البنك من 5 قطاعات، وهذه القطاعات تضم 15 إدارة عامة (وفقًا لما هو موضح في الشكل أدناه) ، وكذلك يضم 12 فرعًا مقسمة على ولايات السودان المختلفة (مدنى، القضارف، بورتسودان، كوستى، الأبيض، عطبرة، دنقلا، الفاشر، نيالا، فرع جنوب السودان الذى يضم فروعًا تابعة له فى، ياى، واو وملكال) ، يرأس بنك جنوب السودان نائب محافظ وهو فرع ذو أعباء ومهام اضافية استثنائية تتعلق بالتصديق لوحدات النظام المصرفى التقليدي بالجنوب والرقابة والتفتيش وفتح حسابات بالنقد الأجنبي لدى المراسلين وحفظ حسابات حكومة الجنوب.