وهذه الأصول مستقيمة لا إشكال فيها, لكن الإشكال في طريقة تطبيقها, وفي طريقة الانطلاق منها، وكما سيأتي معنا أن أصحاب مشروع أسلمة العلوم, لم يحققوا هذه الأصول, ولديهم مشكلة في التعامل معها.

القضية الأخرى التي نناقشها في هذا المشروع: الموقف من مشروع أسلمة المعرفة, أو أسلمة العلوم.

تعرّض هذا المشروع لنقدٍ كبير جدًا, وقد اختلفت اتجاهات من قام بنقده؛ فقد نقده عدد من العلمانية, بل قد يكون العلمانيون مُجمِعون على نقد هذا المشروع. ونقده أيضًا عدد من الإسلاميين, وقالوا إنه مشروع غير صحيح, وفيه أخطاءٌ كثيرةٌ متعددة.

وأيضًا الانتقادات التي وُجِّهت إلى هذا المشروع, مختلفة في اتجاهاتها ومتعلقاتها: فبعض الانتقادات كانت متعلقة بالمصطلح, وبعض الانتقادات كانت متعلقة بالشروط التي التزموا بها, وبعض الانتقادات كانت متعلقة بطريقة التطبيق لهذا المشروع, وبعض الانتقادات كانت متعلقة بالنتائج التي خرجوا بها.