في تشرين الثاني (نوفمبر) من نفس العام وفي خطوة فريدة من نوعها أعلن تنظيم القاعدة في بلاد الرافدين حلّ نفسه على لسان أبو حمزة المهاجر أمير التنظيم وخلفية الأمير أبو مصعب الزرقاوي، وأعلن مبايعته لأبو عمر البغدادي أميرًا للمؤمنين، مما يعني أنه تخلى عن مصلحة التنظيم لمصلحة قيام دولة إسلامية.

«ولأنه قد حان وقت الصدق والحسم أقول للشيخ المفضال والبطل المغوار الهاشمي القرشي الحسيني النسب أمير المؤمنين أبي عمر البغدادي: بايعتك على السمع والطاعة في العسر واليسر والمنشط والمكره وأثرة علينا وأن لا ننازع الأمر أهله وأن نقول الحق حيثما كنا لا نخاف في الله لومة لائم، معلنًا ذوبان كل التشكيلات التي أسسناها بما فيها مجلس شورى المجاهدين وبالنيابة عن إخواني في المجلس تحت سلطة دولة العراق الإسلامية، واضعًا تحت تصرفكم وإمرتكم المباشرة اثني عشر ألف مقاتل هم جيش القاعدة، كلّهم قد بايع على الموت في سبيل الله وأكثر من عشرة آلاف لم تستكمل عدتهم المادية أعينهم تفيض من الدمع حزنًا أن لا يجدوا ما ينفقون» . أبو حمزة المهاجر - 11 - 10 - 2006

وأعلن تشكيل الدولة محارب الجبوري أمير كتائب الغرباء التي التحقت بمجلس شورى المجاهدين وحلت نفسها لصالح الدولة أيضا كباقي التنظيمات المبايعة للبغدادي، وتم تعيينه ناطقا رسميا باسم الدولة، واستشهد في اشتباك مع الاحتلال في أغسطس 2007.

وفي إبريل 2007 أعلنت دولة العراق الإسلامية تشكيلتها الوزارية بعشر وزارات تم تعيين أبو حمزة المهاجر وزيرًا للحرب فيها، وبقية الوزراء والتعيينات من العراق نفسه.