وفي عام 623م، أصبحت سلوفاكيا جزءًا من إمبراطورية أسسها سامو الذي كان في أول حياته تاجرًا ينتمي إلى شعب ألماني يُعرف باسم الفرنجة. وفي خلال القرن التاسع الميلادي، أصبحت سلوفاكيا جزءًا من الإمبراطورية المورافية الكبيرة التي أسسها حاكم يُدعى موجمير. وكانت هذه الإمبراطورية تضم بوهيميا ومورافيا وهما إقليمان رئيسيان فيما يُعرف الآن باسم تشيكيا. ثم جاءت القبائل المجرية واستولت على الإمبراطورية سنة 907م، ومن ثم حكمت المجر سلوفاكيا لفترة تقارب 1000 سنة.
الحكم المجري. بدأت في القرن الخامس عشر فترة حرب دينية في بوهيميا ومورافيا فرّ خلالها كثير من نبلاء التشيك من بوهيميا ومورافيا واستقروا في سلوفاكيا. وفي الفترة ما بين سنة 1438 و 1453م، كان أحد النبلاء التشيكيين يحكم أجزاء كبيرة من جنوبي سلوفاكيا. وهزم الأتراك المجر في معركة موهاكس سنة 1526م واستولوا على أواسط وشرق المجر بعد ذلك بقليل. وأصبحت سلوفاكيا المركز الثقافي والسياسي لما تبقى من المجر.
وفي خلال الحكم المجري، كان السلوفاك تحت ضغط مستمر لكي يتركوا لغتهم وثقافتهم ويصبحوا مجريين، ومنذ بداية القرن الثامن عشر، كان رجال الدين يحاولون خلق انتماء وطني في السلوفاك. ونجح أنطون بيرنولاك السلوفاكي وهو من قساوسة الروم الكاثوليك، في ابتكار لغة سلوفاكية أدبية مبنية على اللهجات السلوفاكية الغربية. واستطاع كل من جان كولار وبافول سافاريك وهما سلوفاكيان من المذهب البروتستانتي أن يضعا صيغة للغة السلوفاكية التي كانت تجمع بين اللهجات التشيكية ولهجة أواسط سلوفاكيا. غير أن السلطات المجرية منعت نمو حركة قومية كبيرة بين السلوفاكيين. وفي عام 1867م، كونت النمسا والمجر معًا مملكة أُطلق عليها اسم إمبراطورية النمسا ـ المجر.