وفي شهر ديسمبر عام 1941م نزلت القوات اليابانية على ساحل مدينة كوتابارو، واجتاحت شبه الجزيرة الماليزية ثمّ اتجهت نحو سنغافورة. وخلال فترة الاستعمار الياباني الذي امتد من عام 1941م ، وحتّى عام 1945م، أعادت اليابان كلنتان إلى تايلاند. وبعد هزيمة اليابان عادت كلنتان إلى الهيمنة البريطانية. وفي عام 1948م أصبحت هذه الولاية جزءًا من الاتحاد الماليزي، وفي 31 أغسطس عام 1957م حصل الاتحاد الماليزي على استقلاله عن الاستعمار البريطاني.
ومنذ حصول ماليزيا على الاستقلال بقيت كلنتان متميزة عن الولايات الغربية التي أصبحت منطقة تجارية مكتظة بالسكان، الذين ينتمون لأعراق مختلفة.
وحافظت هذه الولاية إلى حدٍّ كبير، على طابعها التقليدي والمحافظ، وكانت مركزًا للأحزاب السياسية الإسلامية المعارضة.