ثم اغتيل الحاكم البريطاني الثاني دنكان ستيوارت في الثالث من ديسمبر عام 1949م، أثناء زيارته إلى سيبو مما نتج عنه أضرار كبيرة بحركة معارضة الضم التي أدت إلى انهيارها نهائيًا.
التحرك نحو الاستقلال
الاستقلال أقام الاتحاد الماليزي النصب التذكاري لإحياء ذكرى الاستقلال.
حالة الطوارئ. منذ نهاية الحرب العالمية الثانية عام 1945م، حاول الحزب الشيوعي الملايوي الاستيلاء على السلطة بالوسائل الدستورية للدور الذي قام به، في مقاومة اليابانيين.
لم تحظر بريطانيا الحزب. وكان له تأثيره في العديد من الاتحادات التجارية، والمنظمات كالاتحاد الديمقراطي الملايوي والحزب القومي الماليزي. لكن الاتفاقية الفيدرالية الملايوية أجهضت آمالهم في تحقيق أهدافهم بصورة سلمية.
أراد الشيوعيون تخريب الاقتصاد الوطني بمهاجمة المناجم ومصانع المطاط. وتوقعوا أن يؤدي هذا إلى إرغام المجموعات الشعبية الفقيرة على الإضراب، والوقوف ضد البريطانيين. أعلنت حالة الطوارئ في يونيو عام 1948م، وحظر نشاط الحزب رسميًا.
حشدت الحكومة كافة الإمكانات لمحاربة العصابات الشيوعية. فاستحدثت أنظمة التجنيد الإجباري، والحرس الوطني، والشرطة الخاصة. ونقلت القوات المسلحة من العديد من الأقطار الإفريقية الخاضعة للسيادة البريطانية، وأرسلت كل من أستراليا ونيوزيلندا مساعدات عسكرية، للمساعدة في الحرب الجديدة ضد الشيوعيين. وبحلول عام 1954م، كان الحزب الشيوعي الملايوي جاهزًا للتفاوض من أجل السلام.
الاتحاد الفيدرالي الجديد. أدت الاتفاقية الفيدرالية الملايوية، عام 1948م، إلى تغييرات مهمة. على سبيل المثال، في أبريل عام 1951م أُدخل نظام العضوية الذي يبيح للمواطنين أعضاء المجلس الفيدرالي دخول الحكومة، كما كان له تأثير على وضع المندوب السامي.