أولا: المنهج الاستقرائي:
ويكون بتتبع الموضوع واستقرائه في مظانه وجمع المعلومات المتعلقة به، سواء فيما ذكره رشيد رضا في تفسيره أو ما ذكره المخالفون له في كتبهم.
ثانيا: المنهج الاستدلالي:
ويكون بالتدليل على كل ما أطرحه من أفكار أو آراء بالنصوص الشرعية من الكتاب والسنة أو بأقوال أهل العلم الثقات.
ثالثا: المنهج التحليلي:
ويكون بتحليل ودراسة آراء رشيد رضا والأدلة التي استند عليها للرد عليها وبيان ما لها وما عليها.
الحرص على الآتي:
1 -إثبات النصوص القرآنية مضبوطة بالشكل وبالرسم الإملائي الحديث مع بيان مواضعه في القرآن الكريم.
2 -تخريج الأحاديث النبوية وفق أسس التخريج الفني المعمول بها في كليات الشريعة.
3 -عزو الأقوال والآثار إلى مظانها في الكتب.
4 -شرح المفردات الغريبة في البحث.
5 -التعريف الموجز بالأعلام الذين يتم ذكرهم عدا المشهورين منهم.
6 -التعريف بالفرق التي يتم ذكرها تعريفًا موجزًا.