وقام مؤسس المدرسة - رحمه الله تعالي - بوضع نظام العمل بها واختار المواد التي تدرس فيها، مستعينا بتجارب غيره، ثم بآراء النخبة الممتازة التي انتقاها من المدرسين بالمدرسة. ومن أهم هذه المواد: التوحيد، والتفسير، والحديث. والفقه علي المذاهب الأربعة، والنحو، والصرف، واللغة، والبيان. كما أنه لما لوحظ من ضرورة تزود الخريجين ببعض العلوم التي تنفعهم في معاشهم، فقد أضيف إلي ذلك بعض المواد الأخرى: كالحساب، والعلوم، والهندسة.

وكان برنامج الدراسة المقرر، يسير علي النحو الذي تضمنه الفصل السابع من النظام الأساسي المطبوع الذي وضعه المؤسس للمدرسة، وهو في العلوم والفنون، مع لائحة الدروس ونصه: (1)

العلوم التي تدرس بهذه المدرسة هي: العلوم الشرعية من توحيد، وتفسير، وحديث، وفقه علي المذاهب الأربعة، ونحو، وصرف، ولغة، وبيان، الخ، مما سيأتي توضيحه وبيانه. كما أنه لما شوهد من ضرورة تزود المخرجين بمقدار كاف لتأمين معاشهم من الفنون التي تساعد علي تمام تفهم بعض العلوم الشرعية، كالحساب الذي عليه مدار علم الفرائض و الهندسة، وما أشبه، فقد رؤى إدخال هذه الفنون أيضا ضمن دروس المدرسة بالمقدار الكافي.

(الشعبة التأسيسية)

مدة الدراسة فيها سنة واحدة، وتشتمل علي ثلاث صفوف.

فالصف الأول يتعلم:

كتابة الحروف الهجائية، وقراءتها.

معرفة الحركات والسكنات، والمد، والتشديد.

قراءة الألفاظ الثلاثية والرباعية.

كتابة الأعداد الحسابية، وقراءتها، إلي الألوف.

و الصف الثاني يتعلم:

قراءة وكتابة الجمل الصغيرة، والتراكيب الوجيزة.

الجمع والطرح.

مبادئ الخط والإملاء

والصف الثالث يتعلم:

(1) …النظام الأساسي لمدرسة العلوم الشرعية بالمدينة المنورة / ص 10 - 20 المطبعة السلفية بمكة المكرمة - الحجاز /1352 هـ ت 1934 م