هذا وقد اشتمل النظام الأساسي لمدرسة العلوم الشرعية بالمدينة المنورة علي سبعة فصول، جاء علي النحو التالي:

الفصل الأول

واجبات عمومية

مادة 1 - الإخلاص في العمل:

والمقصود منه أن يقوم كل فرد من أفراد موظفي المدرسة بما هو في عهدته من أعمالها في خلوص نية وانشراح ضمير واهتمام. هذه المادة هي أهم الشروط الواجب تطبيقها علي جميع المنتسبين إلي المدرسة سواء في ذلك أركان المدرسة ومعلموها وموظفوها الإداريون، وكل من كان غير متصف بهذا الخلق العالي فإن إدارة المدرسة معذورة في عدم قبوله.

مادة 2 - الكفاية في الأعمال:

لما كان المقصود السامي من تأسيس هذه المدرسة هو نشر العلوم الشرعية بهذه البلدة المشرفة، بكيفية حقه، فإن تأمين هذه الغاية متوقف علي كفاءة القائمين بأعمالها ليستطيعوا أداءها علي الوجه الذي ينتج الفائدة المرغوبة، لذلك إذا ظهر لدي الإدارة عدم أهلية من أسند إليه أي أمر من أمورها، فيجب فصله من المدرسة حالًا، حفظًا لنظام المدرسة، ورعاية لغايتها المنشودة.

مادة 3 - غاية المدرسة الوحيدة تثقيف الطلاب بالعلوم الشرعية، ومساعدتهم ماديًا بما يسهل الوصول إلي نجاحهم:

لما كان المتبادر من قوله تعالي (( إنما يخشى الله من عباده العلماء ) )هو حصر خشية الله سبحانه وتعالي، في العلماء رأينا حصر التعلم و التعليم في هذه المدرسة بالعلوم الدينية الإسلامية، ومنها الفنون التي من شأنها أن توصل إلي الاعتبار في ملكوت الله سبحانه، وتفهم آثار قدرته جل وعلا، وذلك كالتاريخ المملوء بالعظات والعبر، وتقويم البلدان، وما أشبه. وتحقيقًا لهذا الغرض الشريف يجب علي مدير المدرسة وأركانها مساعدة الطالب من المذاهب الأربعة، ماديا بقدر الاستطاعة والكفاية، علي شرط أن يراعي تطبيق المواد الخاصة بقسم الطلبة، المدونة في الفصل الرابع من هذا النظام.

مادة 4 - النصيحة بالحسنى لإدارة المدرسة: