• استهداف عوام الشيعة وغير المقاتلين منهم.

• الذبح بالسكاكين وتصوير مشاهد القتل.

وهناك كلام ورسائل لقيادة القاعدة حول هذه الأمور كالدكتور أيمن الظواهري والشيخ عطية الله الليبي وغيرهما، وهناك رسالة للشيخ أبي محمد المقدسي، وهو ليس من المحسوبين على تنظيم قاعدة الجهاد ولكنه من مشايخ التيار الجهادي عموما، وقد عنون لهذه الرسالة بـ (وقفات مع ثمرات الجهاد بين الجهل في الشرع والجهل بالواقع) .

وبالرغم من إنكار القاعدة لمثل هذه الأعمال إلا أنها كانت تستعمل النصح واللين مراعاة لمصلحة الجهاد وحفاظا على تماسك الصف، وكان هناك من قبل المجاهدين بعض الاستماع للنصح، حتى حصل ما لا يصح السكوت عنه وظهرت جماعة (داعش) بهذا الشكل القبيح والمشوه للجهاد وأهله، ما كان من القاعدة إلا أن أصدرت بيان براءة ومفاصلة من هذه الجماعة، بل وتبرأ منها التيار الجهادي بعمومه وليس القاعدة فحسب.

وقد جاء في بيان القاعدة الصادر بتاريخ 21/ربيع الأول/1435 هـ:

"أولا: تعلن جماعة قاعدة الجهاد أنها لا صلة لها بجماعة (الدولة الإسلامية في العراق والشام ... ) ".

"... ثانيا: تود جماعة قاعدة الجهاد أن تؤكد على بعض المعاني المهمة في العمل الجهادي، منها:"