انسجامًا مع التقدم والنهضة العلمية التي تشهدها ماليزيا فقد أقر مجلس الوزراء تأسيس جامعة العلوم الإسلامية ( كويم ) في الاجتماع الذي عقد بتاريخ الحادي عشر من يونيو سنة 1997م، ثم أعلن عنها رسميا في الثاني عشر من مارس سنة 1998م، ويهدف إنشائها إلى رفع مستوى الدراسات الإسلامية والتعليم الإسلامي بماليزيا.

وقد انطلقت مسيرتها العلمية في العام الدراسي 2000/ 2001م، حيث استخدمت عند انطلاقها جزءًا من مبنى كلية الدراسات الإسلامية في الجامعة الوطنية الماليزية، ثم انتقلت بعدها إلى مبنى المعهد المهني لبيت المال التخصصي في كولا لمبور، وبدأت مرحلتها الأولى بثلاث كليات هي: كلية الشريعة والقضاء، وكلية دراسات القرآن والسنة، وكلية الدعوة والإدارة.

وقد بدأ الفصل الدراسي الأول من العام الدراسي 2000/2001م بدفعة أولى من الطلبة وعددهم 255 طالبًا وطالبة في الكليات الثلاث، وفي العام الدراسي 2001/2002م تم تسجيل الدفعة الثانية وكان عددهم 556 طالبًا وطالبة وقد شجعت هذه الزيادة في عدد طلبة الجامعة إلى استئجار جزءًا من مبنى المجلس البلدي لمنطقة أمبانج جايا البناية (أ) في منطقة باندان إينده في كولالمبور، ووقد انتقلت الجامعة إدارة وتدريسًا إلى هذا المبنى بتاريخ 21/1/2002م.

ولغرض الوصول إلى الأهداف المرجوة من تأسيسها وجعلها جامعة إسلامية متميزة في ماليزيا، تم إنشاء كلية جديدة في سنة 2002م وهي كلية الاقتصاد والمعاملات، حيث بدأت هذه الكلية مسيرتها العلمية في العام الدراسي 2002/2003م بدفعة أولى من الطلبة وكان عددهم 103 طالب وطالبة، وفي العام الدراسي 2004/2005م تم افتتاح كلية العلوم والتكنولوجيا، وكلية الطب والعلوم الصحية، وكلية اللغات الرئيسة، وبرنامج التمهيدي لطلاب العلوم والقانون، ثم افتتحت في العام 2006م كلية طب الأسنان، ليصبح بذلك عدد كليات الجامعة ثمانية كليات.