كذلك نالت المنطقة المعروفة الآن بالبرتغال استقلالها عن قشتالة خلال القرن الثاني عشر الميلادي. وبحلول منتصف القرن الثالث عشر الميلادي كانت البرتغال تسيطر على كل أرضها الحالية. وفي هذه الأثناء استمر النصارى في قتال المسلمين. وبحلول أواخر القرن الثالث عشر الميلادي تم تقليص الإقليم الإسلامي في أسبانيا إلى مملكة غرناطة في الجنوب. وسيطرت ممالك أراغون ونافاري وقشتالة النصرانية على باقي مايُعْرف الآن بأسبانيا. وحكمت أراغون معظم أسبانيا الشرقية وجزر البليار. بينما حكمت نافاري منطقة صغيرة إلى الشمال الغربي من أراغون، وسيطرت قشتالة على باقي أسبانيا، كما أنها ظلت المملكة الأكبر والأعظم قوة في أسبانيا خلال القرن الرابع عشر ومعظم الخامس عشر الميلاديين.
اتحاد الممالك الأسبانية. في عام 1469م تزوج أمير أراغون من إيزابللا أميرة قشتالة. وأصبحت إيزابللا ملكة لقشتالة سنة 1474م. كما أصبح فرديناند ملكًا لأراغون سنة 1479م، وبهذا أصبح كل ما يُعْرف الآن بأسبانيا تقريبًا تحت حكمهما.
وأراد فرديناند وإيزابللا أن يؤسسا أسبانيا القوية المتحدة. واعتبرا المسلمين واليهود خطرًا على هذا الهدف. وفي عام 1480م قاما بإنشاء محاكم التفتيش، التي كانت تقوم بسجن أو قتل الأشخاص الذين يُشتبه فيهم أنهم لايتبعون تعاليم الكنيسة الكاثوليكية. واستمرت محاكم التفتيش لأكثر من 300 سنة. وكان رجال ديوان مجمع قضاة الإيمان الكاثوليكي (محاكم التفتيش) ينظرون إلى ممارسة الشعائر الإسلامية أو حتى مجرد الاتجاه إلى الكعبة لأداء الصلاة أو الصوم على أنه جريمة يعاقب عليها بالموت.