تشكل الخنادق أو الأخاديد أكثر أجزاء المحيط عمقًا. وتوجد العديد من الخنادق في المحيط الهادئ، خاصة في جانبه الغربي. وتتميز معظم الخنادق بكونها طويلة، وضيقة وعميقة، حيث يتراوح عمقها بين 3 و4كم تحت قاع البحر المحيط بها. ويوجد أعظم عمق في المحيط على الاطلاق في خندق ماريانا جنوب شرقي اليابان، حيث ينخفض إلى أكثر من 11كم تحت مستوى سطح البحر. ويتكرر حدوث الزلازل والثورانات البركانية على امتداد هذه الخنادق. وتوجد العديد من الخنادق بالقرب من سلاسل الجزر البركانية المعروفة باسم أقواس الجزر.
إن أحد أكثر أجزاء أعماق البحر سحرًا، هي الينابيع البحرية الحارة التي تعرف باسم منافذ (منافس) المياه الحارة. تحتوي منافذ المياه الحارة على كائنات حية تفوق بآلاف المرات تلك الموجودة في مجتمعات حيوانية تعيش في مناطق أخرى من قاع المحيط. وتزدهر مستعمرات ضخمة من البكتيريا على المركبات الكبريتيدية التي تقذفها هذه المنافذ. وتسهم البكتيريا بدورها في إعالة حشود الكائنات الحية الأخرى. وتوجد أشهر المنافذ بالقرب من سلاسل وسط المحيط.
وتعيش مجتمعات متعددة من الكائنات الحية أيضًا بالقرب من الينابيع البحرية الباردة التي يطلق عليها اسم المنزَّات الباردة، حيث تكون المياه النابعة من باطن الأرض باردة بدلًا من حارة. وتقوم المركبات الكبريتيدية الموجودة في هذه المياه بإعالة نفس أنواع الكائنات الحية الموجودة بالقرب من منافذ المياه الحارة.
تتميز منافذ المياه الحارة والمنزات الباردة بكونها قصيرة العمر، حيث تستمر لفترة تتراوح بين سنوات قليلة إلى نحو 100 سنة، وعندما تتوقف عن قذف المركبات الكبريتدية، تموت الحيوانات الموجودة في الجوار.
الحياة في أعماق البحر