وفي تطور لاحق، استولت حركة طالبان على العاصمة كابول في 27 سبتمبر 1996م، وأعدمت نجيب الله وأخاه، وأعلنت تشكيل حكومة جديدة. وطالبان حركة سياسية ظهرت عام 1994م وكان يترأسها الشيخ محمد عمر، وهو أستاذ سابق ومجاهد في نظر أعوانه وأنصاره. وبحلول عام 2000م، كانت حكومة طالبان قد حققت انتصارات واسعة على الأرض، ولكن تراوح الحال في بعض الأماكن حيث دانت السيطرة لقوات المعارضة، بل أن قوات أحمد شاه مسعود هاجمت كابول غير مرة. حاولت المملكة العربية السعودية وباكستان وبعض الدول الإسلامية تقريب وجهات النظر بين الأطراف المتصارعة. غيّرت طالبان الاسم الرسمي للدولة من جمهورية أفغانستان الإسلامية إلى إمارة أفغانستان الإسلامية. حطمت حكومة طالبان تماثيل (أصنام) بوذا الكبيرة، التي يعود تاريخها إلى نحو 1500 عام، في مارس 2001م رغم اعتراض بعض الدول والمنظمات على إزالة هذه التماثيل. انظر: طالبان ، حركة.