وفي مارس 1994م، حُجبت الثقة عن حكومة ميسيار بعد أن اتهمه الرئيس بعدم أهليته المالية. ولكن ميسيار فاز في الانتخابات البرلمانية التي أجريت في نفس العام وعاد رئيسًا للوزراء. وبعد إنتهاء فترة الرئيس كوفاك عام 1998م، جرت عدة محاولات فاشلة لاختيار خلفه إذ كان لابد له من الحصول على ثلاثة أخماس أصوات البرلمان. وحسب نص الدستور، تولى ميسيار رئاسة البلاد. ولكن استطاع حزب الائتلاف الديمقراطي السلوفاكي من الحصول على أعلى نسبة في أصوات البرلمان خلال انتخابات سبتمبر 1998م، وسمي ميكولاس دزيرندا رئيسًا للوزراء. وفي مايو 1999م تم اختيار رودلف شوستر، من الائتلاف الحاكم، رئيسًا للبلاد بعد أن فاز في انتخابات شعبية مباشرة. وفي عام 2000م، بذلت الحكومة السلوفاكية جهودًا حثيثة للانضمام للاتحاد الأوروبي وحلف شمال الأطلسي.