ربما كان المستوطنون الأوائل بغينيا الجديدة قد هاجروا إليها قبل آلاف السنين من أواسط آسيا، عن طريق شبه جزيرة الملايو وإندونيسيا. ويُعد جورج دي مينيسيس الحاكم البرتغالي لجزر مولوكا من أوائل الأوروبيين الذين زاروا غينيا الجديدة، وكان ذلك في 1526م. وقد توقف بها بعض الرحالة الهولنديين والإنجليز والفرنسيين والأسبانيين خلال الثلاثمائة سنة التي تلت ذلك التاريخ. لقد ادعت هولندا ملكية غينيا الجديدة في عام 1828م. وخلال عام 1884م احتلت ألمانيا الجزء الشمالي الشرقي من الجزيرة، كما احتلت بريطانيا الجزء الجنوبي الغربي. ثم تنازلت بريطانيا عن هذا الإقليم لأستراليا في عام 1906م. وعلى إثر هزيمة ألمانيا في الحرب العالمية الأولي (1914 - 1918م) جعلت عصبة الأمم الجزء الشمالي الشرقي من غينيا الجديدة تحت الانتداب الأسترالي. انظر: إقليم تحت الانتداب.
وسيطر اليابانيون على غينيا الجديدة الشمالية في عام 1942م أثناء الحرب العالمية الثانية، غير أن الحلفاء عادوا واحتلوا هذه المنطقة عام 1944م. وبنهاية الحرب عام 1945م أصبح الجزء الشمالي الشرقي الذي يعرف بإقليم غينيا الجديدة تحت الوصاية الدولية ويتبع الإدارة الأسترالية. ووضعت أستراليا كلا الجزأين الشمالي الشرقي والجنوبي الشرقي (مايعرف الآن بابوا غينيا الجديدة) تحت إدارة واحدة وكان ذلك في عام 1949م.