أصبحت ملقا خلال القرن الخامس عشر الميلادي سوقًا تجارية، جذبت التجار من كافة أنحاء آسيا، كما جذبت تجار البرتغال أوائل القرن السادس عشر الميلادي. وظلت التجارة البحرية تشكل ركيزة أساسية من ركائز الاقتصاد الماليزي حتى القرن الثامن عشر الميلادي. وبصفة عامة فقد قامت الممالك الماليزية على مصبات الأنهار المهمة.
ملقا تحت الحكم الهولندي منذ أربعينيات القرن السابع عشر وحتى أوائل القرن التاسع عشر. شيّد الهولنديون المنازل الضخمة ودارًا للبلدية. يُشاهد في الصورة منظر عام لملقا كما عبّر عنه رسّام حوالي سنة 1700م.
ظهور جوهور. استمرت سلطنة ملقا أكثر من قرن، ولم تنتَهِ نهائيًا حتى عندما احتلها البرتغاليون في عام 1511م. انتقلت الأسرة المالكة بعد ذلك إلى جوهور. وفي تلك الأثناء جذبت آسيه في سومطرة التجار المسلمين، وأصبحت الميناء الرئيسي في مضيق ملقا. تعرضت جوهور لعدة هجمات أثناء تصارع القوى في ملقا بين جوهور وآسيه والبرتغاليين، ومع هذا، ظلّت السلطنة قائمة مرتكزة في جوهور.
بدأت السفن الهولندية في بدايات القرن السابع عشر الميلادي زيارة المنطقة بانتظام، وفي عام 1641م، أصبحت جوهور حليفة للهولنديين أثناء هجومهم على البرتغاليين في ملقا. ثم استقر الهولنديون فيها وخضعت لهم قرابة قرنين بعد ذلك.
لم يتدخل الهولنديون في الشؤون الداخلية للدول الماليزية. مع أنهم خاضوا العديد من الحروب ضد القوى المحلية، وتوغلوا داخل الأراضي الماليزية، أكثر من البرتغاليين. وشّيدوا حصونًا في جزيرة بانغ كور بيراق وتانجونغ بوتوس في أعالي نهر بيراق بنحو 50كم. وعقدوا اتفاقيات مع الحكام المحليين، لتأمين إمدادات القصدير.