حكمت جوهور خلال النصف الثاني من القرن السابع عشر الميلادي كافة أراضي ملقا، ثم ما لبثت أن أخذت في التدهور التدريجي من جراء الحروب والمجاعات المحلية. قتل حاكمها عام 1699م، فخلفه رئيس وزرائه بنداهارا وهو من عامة الشعب. ويعد هذا أول حادث من نوعه في تاريخ ماليزيا. أخفق الحاكم الجديد في الحفاظ على وحدة الإمبراطورية، واستولى على الحكم الأمير سياك من سومطرة، مدعيًا أنه ابن الحاكم المقتول.
أصبح البوجيون (ويعودون لجزر سيليبس الإندونيسية) قوة في شبه الجزيرة. وكانوا يعرفون، في أرجاء أرخبيل ماليزيا بأنهم تجار ومرتزقة. استطاع الحاكم المعزول استرجاع حكمه، وطرد الأمير سياك بمساعدتهم ولاعتماده عليهم، سيطروا على سلطنة جوهور، حتى عام 1784م، عندما هزمهم الهولنديون.
تأسيس السلطنات الجديدة. شجع ضعف الأسرة الحاكمة في جوهور على مطالبة المناطق الأخرى باستقلالها. كانت سلطنة ترنغانو، أول سلطنة تظهر في القرن الثامن عشر الميلادي، وكذلك تأسست ثلاث سلطنات أخرى، في الوقت نفسه، واستمرت حتى القرن العشرين الميلادي.
كما قامت في الفترة ذاتها سلطنتا كلنتان، وسيلانجور. في عام 1764م فرض سلطان ترنغانو سيطرته على حاكم كلنتان، كما عين حاكم سيلانجور حاكمًا على بيراق عام 1766م، فنصَّب الأخير نفسه سلطانًا هناك.
ظلت ست من الأسر تحكم حتى أواخر القرن الثامن عشر الميلادي، واستمرت سلطنة جوهور القديمة حتى أوائل القرن العشرين.
نمو القوة البريطانية
التجار الأوائل. شكّل وصول الأوروبيين إلى مضيق ملقا، نقطة تحوّل رئيسية في التاريخ الماليزي. وصلت أولى الحملات البريطانية إلى جاوه الغربية عام 1601م، بعد وصول الهولنديين بقليل، وأثبت الهولنديون أنهم أكبر القوتين في المنطقة، فانسحب البريطانيون.