ُتعد قصة جوهور الحديثة أكثر تعقيدًا، ولم يحصل البريطانيون بعد احتلال سنغافورة عام 1819م، على موافقة سلطنة جوهور القديمة وكان التأثير الهولندي فيها قويًا. عرف البريطانيون أنه ليس بالإمكان إقناع السلطان بتسليمهم الجزيرة، واكتشفوا أن هناك نزاعًا بين الورثة، فاختاروا الأخ الأكبر للسلطان حاكمًا فعليًا لها، وبذلك أصبح بمقدورهم السيطرة على سنغافورة، إلا أن السلطان الجديد لم تكن له أي سلطة في أرخبيل ريولنغا. لم يعد للسلطان المعيَّن أية فائدة للبريطانيين، لذا عمدوا إلى تعيين ابنه بدلًا منه، في منتصف القرن التاسع عشر الميلادي. وأُرغم على توقيع معاهدة، يوافق بمقتضاها على ممارسة السلطة على رقعة صغيرة قرب ملقا فقط، تدعى كيسانغ. ومال البريطانيون لعائلة تيمينغونغ، وتعاون حاكمها معهم في احتلال سنغافورة. وتبنّى الحاكم الجديد لقب المهراجا، وأصبح صديقًا شخصيًا للملكة فكتوريا، واعتبره البريطانيون عام 1885م سلطانًا على جوهور.
الاستعمار أسس فرانسيس لايت، وهو قائد بريطاني بنانج ليرسي قواعد التجارة.
الحكم الاستعماري. بدأ امتداد التأثير البريطاني على شبه جزيرة ماليزيا عام 1867م، بعد أن أصبحت مستوطنات المضايق مستعمرة تابعة للتاج البريطاني. وكان السبب الرئيسي للوصاية البريطانية على شبه جزيرة ماليزيا، حماية مصالحها الخاصة فيها. وتمكن البريطانيون، بعد توقيع معاهدات مع الحكام المحليين، من اختيار موظفين عُرفوا بالمستشارين، لتولي رئاسة كافة الأمور الإدارية، ماعدا ما يتعلق منها بالإسلام والتقاليد الماليزية.
شهد القرن التاسع عشر الميلادي، أيضًا، امتداد التأثير البريطاني إلى سرواك وصباح. وجلب التطور الزراعي في ساغو المزيد من الصينيين إلى سرواك حتى طغى الاستيطان الصيني في أواخر القرن على العديد من الأماكن.