في خلال سنواتها الأولى، كان على حكومة ماليزيا مواجهة ضغوط كثيرة؛ فقد اعترض رئيس إندونيسيا سوكارنو على انضمام صباح وسرواك إلى ماليزيا، وبدأ انتهاج سياسة سماها بسياسة المواجهة. ونظمت إندونيسيا سلسلة من الحملات المسلحة على الأراضي الماليزية وبالأخص على ولاية سرواك. أدت هذه الهجمات إلى قيام حكومة ماليزيا بزيادة الإنفاق على الدفاع بدلًا من تحسين الخدمات الحكومية الأخرى.
بالإضافة إلى ذلك عانت حكومة ماليزيا الجديدة من سلسلة من النزاعات بين الحكومة الاتحادية وحكومة سنغافورة. وكانت تلك النزاعات يدور بعضها حول الأفكار السياسية، وبعضها حول تقسيم الدخل الاتحادي ودخل الولاية. وأخيرًا اقتنعت الحكومتان استحالة التوصل إلى اتفاق بينهما. وفي عام 1965م انفصلت سنغافورة عن ماليزيا وصارت دولة مستقلة. ونتيجة لذلك قامت الحكومة بتعديل دستور ماليزيا ليشمل الملايو وسرواك وصباح فقط. انتقلت بعض الدواوين الحكومية من العاصمة كوالالامبور إلى المدينة حديثة التكوين بتراجايا التي تبعد 48كم عن العاصمة. وستصبح بتراجايا العاصمة الإدارية لماليزيا، رغم أن البرلمان سيمارس نشاطه من العاصمة كوالالامبور.