انضم ميجر لمجلس الوزراء في عام 1987م وزيرًا للخزانة، وهو المنصب الذي يرشِّد الإنفاق الحكومي، ثم عمل وزيرًا للخارجية من يوليو إلى أكتوبر من عام 1989م. ثم أصبح بعد ذلك وزيرًا للمالية، وهو منصب يتضمن إدارة الاقتصاد. وقد شغل هذا المنصب إلى أن أصبح رئيسًا للوزراء. قاد ميجر حزب المحافظين إلى الانتصار في الانتخابات العامة في أبريل 1992م. عانت حكومة ميجر ضعفًا بسبب الانقسامات داخل حزب المحافظين وتردي الروح المعنوية في البلاد. وفي عام 1995م، استقال ميجر من زعامة حزب المحافظين، وطلب من الحزب الاختيار بين دعمه أو اختيار رئيس آخر. خاض ميجر الانتخابات لاختيار زعيم للحزب ونافسه وزير شؤون ويلز السابق جون ردوود أكد الحزب فيها على زعامة ميجر. وفي الأول من مايو 1997م، ألحق حزب العمال بقيادة توني بلير هزيمة كبيرة بحزب المحافظين لم يتجرعها منذ عام 1832م.