الدفاع الأمريكية أن غارة أمريكية على طالبان في 5 مايو تسببت في وفاة مدنيين أفغان إذ فشل الجيش في الالتزام بالإجراءات الواجبة. وحددت السلطات الأفغانية 147 ضحية مدنية من بينهم نساء وأطفال، بينما حدد ضابط أمريكي عدد القتلى بأقل من 30.

وتعد إساءة معاملة السجناء واحدة من أكبر فضائح حقوق الانسان للولايات المتحدة. وأظهر تقرير قدم إلى الاجتماع العاشر لمجلس حقوق الانسان للأمم المتحدة في 2009 من قبل مقررها الخاص حول تعزيز وحماية حقوق الانسان والحريات الأساسية في سياق مكافحة الارهاب، أظهر أن الولايات المتحدة نفذت مجموعة شاملة من الممارسات التي تتضمن الترحيل الخاص، وإعتقالات لفترات طويلة وسرية، وإنتهاك ميثاق الأمم المتحدة ضد التعذيب. وذكر المقرر أيضا في تقرير قدم الى الدورة 64 للجمعية العامة للأمم المتحدة أن الولايات المتحدة ومتعهديها الخاصين قاموا بتعذيب المسلمين الرجال المعتقلين في العراق وأماكن أخرى وذلك بتشكيل أهرامات قسرية من السجناء العراة، وإرغامهم على اتباع سلوك مثليي الجنس وتجريدهم من الملابس في عري صارخ. وشرعت وكالة الاستخبارات المركزية في التحقيق باستخدام التعذيب منذ 2002. وكشف محامو الحكومة الأمريكية أن وكالة الاستخبارات المركزية تخلصت من 92 شريط فيديو تعرض أساليب الاستجواب والحبس القاسية لأعضاء القاعدة المشتبه بهم ذوي"القيمة العالية". واستخدم محققو وكالة الاستخبارات المركزية مسدسا ومثقابا كهربائيا لتخويف قائد بالقاعدة كان معتقلا للإدلاء بمعلومات. وكشفت مذكرات وزارة العدل الأمريكية أن وكالة الاستخبارات الأمريكية احتفظت بالسجناء مكبلين في وضعية الوقوف لفترات دامت 180 ساعة، وحرم أكثر من عشرة منهم من النوم لـ 48 ساعة على الأقل، وحرم ثلاثة من النوم لأكثر من 96 ساعة، وواحد لنحو ثمانية أيام كحد أقصى. وجاء في إحدى المذكرات أن شخصا آخر يبدو أنه حرم من النوم لـ 11 يوما. وإستخدم محققو وكالة الاستخبارات الأمريكية محاكاة الغرق 183 مرة ضد المتهم الرئيسي بتدبير حادثة 11 سبتمبر خالد شيخ محمد، و83 مرة ضد زعيم القاعدة المشتبه به أبو زبيدة. وقال سجين في غوانتانامو أطلق سراحه أنه تعرض لتعذيب"القرون الوسطى"في خليج غوانتانامو وفي سجن سري لوكالة الاستخبارات الأمريكية في كابول. وفي يونيو 2006 خنق ثلاثة مساجين في غوانتانامو حتى الموت أثناء التحقيق معهم في نفس الليلة ومرت وفاتهم على أنها عمليات انتحار شنقا، لكن هذا الأمر كشف عنه تحقيق دام ستة أشهر أجرته مجلة هاربرز وشبكة ان بي سي الأخبارية في 2009. وصرح مواطن صومالي اسمه محمد ساليبان باري، الذي عاد الى بلاده بعد ثماني سنوات قضاها في سجن أمريكي في خليج غوانتانامو لوكالة الصحافة الفرنسية أن السجن كان بمثابة"جحيم على الأرض"وأن بعض زملائه فقدوا البصر والأطراف والبعض الآخر انتهى بهم الحال مختلين عقليا. وفي 2009 إنتحر معتقل يمني، 31 عاما، في خليج غوانتانامو، كان بدأ اضرابا عن الطعام لفترة طويلة، وذلك ب

عد أربع محاولات سابقة للانتحار بدأت من عام 2002. واحتفظت الحكومة الأمريكية بأكثر من 600 سجين في قاعدة باغرام الجوية في أفغانستان. وانتقد تقرير للأمم المتحدة مركز الاعتقال في باغرام، قائلا بأن بعض المعتقلين السابقين ادعوا تعرضهم لتعذيب قاس وحتى للاعتداء الجنسي، وأن بعض المعتقلين وضعوا رهن الاحتجاز