ان الدارس لواقع الدراسات العليا للعلوم الانسانية يلحظ وجود نقاط خلل وضعف في كثير من النواحي التي يمكن إجمالها بالنقاط الآتية:
1 -ضُعف مستوى الإعداد النظري للطالب، بشكل عام في السنة التحضيرية.
2 -ضعف المحتوى العام للرسالة او الأطروحة والاعتماد في البحث على البحث الآلي من الشبكة العنكبوتية دون إعمال المنهجية البحثيه والتدقيق في المعلومات المستحصلة منه فاصبح الطالب كاتبا ناقلا اكثر من كونه باحثا مدققًا وناقدا ومضيفًا للنتائج.
3 -تكرار الرسائل الجامعية جزءا أو كلا مع تغيير في العناوين والإخراج فقط.
4 -غياب المنهجية العلمية الشاملة التي تعتمد خطة وطنية متكاملة لإحياء التراث العلمي العربي الإسلامي وخدمته وتطويره.
5 -ضعف الربط المتكامل للعلوم مع بعضها في خدمة القضايا الاجتماعية والتنمية البشرية باستخدام وسائل معاصرة.