دمَّر الغزاة النرويجيون مدينة بون إبان القرن التاسع الميلادي، ومع حلول عام 1200م، أعيد تأسيس بون تحت قيادة رئيس أساقفة كولون، وبقيت بون مقرًا لأمراء كولون في الفترة 1265- 1794م عندما سيطرت عليها القوات الثورية الفرنسية.
وفي عام 1815م، أصبحت بون والمنطقة المحيطة بها جزءًا من مملكة بروسيا. وأنشئت جامعة بون في عام 1818م على يد ملك بروسيا فريدريك وليم الثالث حيث أصبحت مركزًا للعلوم والمعرفة. وازدهرت بون لأن كثيرًا من العائلات الثرية أحبّت الطبيعة السكنية الهادئة للمدينة، فاستقرَّت فيها.
عكَّرت الحرب العالمية الأولى (1914 - 1918م) وحالة عدم الاستقرار السياسي، في أرض الراين خلال العشرينيات من القرن العشرين الميلادي، صفو الحياة الهادئة لمدينة بون. وإبان الحرب العالمية الثانية (1939 - 1945م) ، عانت بون من التدمير الشديد نتيجة للغارات الجوية والقصف المدفعيّ.
وفي عام 1949م، قُسِّمت ألمانيا إلى دولتين منفصلتين: ألمانيا الشرقية وألمانيا الغربية، وأصبحت بون عاصمةً لألمانيا الغربية. وتم اختيار بون لقربها من روندورف، وهي البلدة التي ينتمي إليها كونراد أديناور أول مستشار لألمانيا الغربية. وكان من المقرر أن تبقى بون عاصمة لألمانيا إلى أن يُعاد توحيدها، وعندئذ يتعين على الحكومة أن تعود لبرلين، التي كانت عاصمة ومقرًا للحكومة الألمانية قبل تقسيم عام 1949م. وأعيد توحيد ألمانيا في عام 1990م وأصبحت برلين عاصمةً رسميةً لألمانيا الموحدة، لكن بون أصبحت مقرَّ الحكومة، حيث توجد فيها معظم الدوائر الحكومية. وفي عام 1991م، صوَّت البرلمان الألماني لصالح نقل مقر الحكومة إلى برلين، ووضع جدولًا زمنيًا لنقل الدوائر الحكومية هناك خلال 10 إلى 12 عامًا.