تسبب إعدام القسيس جون هس سنة 1415م في اندلاع سلسلة من الحروب الدينية في بوهيميا. كان هس يقود حركة إصلاحية للكنيسة الرومانية الكاثوليكية. وقد أُعدم الرجل حرقًا بتهمة الهرطقة، وانتهت تلك الحروب سنة 1436م بحل وسط، وقام مؤيدو هس بانتخاب جيري البوديبرادي البروتستانتي ملكًا لبوهيميا سنة 1458م. وبذلك أصبح جيري أول ملك بروتستانتي في أوروبا. وبحلول أواخر القرن الخامس عشر الميلادي، تحول معظم الأشراف التشيكيين إلى المذهب البروتستانتي وزاد نفوذهم.
حكم أسرة هابسبيرج. بدأت أسرة هابسبيرج النمساوية الكاثوليكية بحكم بوهيميا سنة 1526م، وظلت بوهيميا مستقلة جزئىًا رغم أن النبلاء كانوا قد فقدوا بعض نفوذهم. وفي سنة 1618م، ثارت مجموعة من النبلاء التشيكيين البروتستانت ضد أسرة هابسبيرج، فكانت هذه الثورة بمثابة إطلاق شرارة حرب الثلاثين سنة.
وفي عام 1620م، استطاعت جيوش هابسبيرج أن تتغلب على النبلاء في معركة الجبل الأبيض، وقد قتل جميع النبلاء تقريبًا وفرّ بعضهم إلى المنفى، وبذلك فقدت بوهيميا جانبًا كبيرًا من نفوذها في الحكم الذاتي وأجبر آل هابسبيرج السكان على التحول إلى الكاثوليكية. كما فرضوا على معظم التشيكيين ترك لغتهم وتبني الثقافة الألمانية ولغتها.
سادت الثقافة الألمانية في بوهيميا حتى أواخر القرن الثامن عشر الميلادي، وبدأت الصناعات بالتطور في بوهيميا ومورافيا، وانتقل كثير من الفلاحين التشيك إلى داخل المدن، وقام الأدباء والمثقفون الآخرون ببعث الروح الوطنية بين التشيكيين. وظهرت في منتصف القرن التاسع عشر حركة قوية تدعو إلى الحكم الذاتي. بيد أن النمسا ظلت تحكم بوهيميا ومورافيا. وفي عام 1867م شكلت كل من النمسا والمجر ملكية نمساوية ـ مجرية.