وفي القرن العاشر الهجري، السادس عشر الميلادي، بدأ الإسلام ينتشر في الموانئ الجاوية الشمالية. وقد ظلت سورابايا جاوية هندوسية وقاومت الحملات الإسلامية القادمة من الموانئ الغربية. وفي السنوات الأولى من القرن السابع عشر الميلادي، تمكنت سورابايا من صد هجوم رئيسي قاده السلطان أجنج حاكم ماتارام الذي حاصر سورابايا خمسة أعوام، حيث استسلمت في عام 1625م.
وفي عام 1706م، سيطر الهولنديون على سورابايا. ورأى الحاكم الهولندي هيرمان وليام داندل ضرورة تعزيز الدفاعات في جاوه الشرقية تحسبًا لغزو بريطاني. وقد اكتملت تلك التعزيزات في عام 1808م وشملت مصانع للأسلحة ومستلزماتها.
وفي أواخر القرن التاسع عشر، طوَّر الهولنديون زراعة قصب السكر، وأصبحت سورابايا أكبر مركز لهذه الصناعة. وقد نمت سورابايا بخطى سريعة إلى درجة أن سكانها كانوا أكثر من سكان باتافيا (أي جاكرتا الحالية) .
وفي الوقت نفسه أصبحت سورابايا مهدًا للحركة الوطنية الإندونيسية. فقد أسس حاجي عمر سعيد تجوكروامينوتو حركة ساريكاتْ إسْلامْ (الاتحاد الإسلامي) . وقد تلقى سوكارنو ـ وهو أول رئيس جمهورية للبلاد ـ تعليمه في سورابايا حيث كان يعيش في منزل تجوكروامينوتو. كما أنه دخل الحياة السياسية عن طريق هذا الرجل وحركة الاتحاد الإسلامي.
بعد إعلان استقلال إندونيسيا في 17 أغسطس 1945م، ازدادت شهرة سورابايا في كل أنحاء البلاد. وفي أول نوفمبر 1945م، حدث إنزال عسكري بريطاني هندي في سورابايا عقب استسلام اليابان. وقد قاوم الشباب بقيادة سوكارنو هذه القوات لمدة 10 أيام. وفي كل عام، يتم الاحتفال بيوم 10 نوفمبر باعتباره يوم الأبطال ولتخليد ذكرى المقاومة. وأطلق على سُورَابايا اسم كوُتَا بَهلوان أي مدينة الأبطال.