في 30 من سبتمبر عام 1965م، قامت مجموعة من الضباط الموالين للشيوعيين بمحاولة انقلاب فاشلة للإطاحة بالحكومة، ولقد بدأت المحاولة عندما قام عدد من ضباط الجيش باغتيال ستة من كبار جنرالات الجيش، وردًا على ذلك شجع الجيش على التوتر السياسي الذي تطور فيما بعد إلى عُنف شامل موجه ضد الشيوعيين، وأنصارهم، وتركز بصفة خاصة في جاوه، وبالي، وراح ضحية تلك الاضطرابات حوالي نصف مليون قتيل، واستُدعي سوهارتو بوصفه رئيس القيادة العليا للجيش الاحتياطي الاستراتيجي لسحق التمرد الشيوعي وإعادة الأمن والنظام في جاكرتا، تولى بعد ذلك منصب القائد المؤقت للجيش الإندونيسي، في 11 من مارس عام 1966م، وتحت ضغط من الجيش أعطى الرئيس الإندونيسي سوكارنو تفويضًا رسميًا إلى سوهارتو لاستعادة الأمن العام، لمساعدة الحكومة على القيام بدورها، وكان من أوائل الإجراءات التي اتخذها سوهارتو حظر نشاط الحزب الشيوعي الإندونيسي، والمنظمات التابعة له، وتم اعتقال كثير من الشيوعيين والمشتبه فيهم، وأودعوا السجون لسنوات طويلة، وفي معظم تلك الحالات كان السجن يتم بدون محاكمة.