وتتأثر نباتات فول الصويا تأثرًا شديدًا بالأمراض البكتيرية وخاصة خلال المواسم الرطبة. وتعيش البكتيريا المسببة لمرض اللفحة البكتيرية في التربة، وكذلك في نباتات فول الصويا المصابة. تدخل هذه البكتيريا إلى النباتات السليمة عن طريق الأوراق مكونة بقعًا مبتلة على الأوراق تتحول إلى اللون البني. وتموت خلايا الأوراق في المناطق المصابة وتسقط وقد تموت جميع أنسجة الورقة. ومن مظاهر مرض التدرّن البكتيري وجود بثرات مملوءة بسوائل منتشرة على الأوراق. وتوجد أصناف عديدة من فول الصويا تقاوم هذه الأمراض البكتيرية.
تُهاجم نباتات فول الصويا كثير من الآفات التي يشكل بعضها خطورة عليه.وتتضمن الآفات الشائعة خنفساء أوراق الفول والبقة النتنة ويرقة الفول المخمليّة. ويكافح المزارعون هذه الآفات بالمبيدات الحشرية وإزالة الأوراق الميتة والنفايات الأخرى التي تضع الحشرات فيها بيضها. وقد تمكن العلماء من إنتاج أصناف من فول الصويا مقاومة لمعظم الآفات الحشرية المذكورة. ومن الآفات الأخرى التي تهدد المحصول الفيروسات والديدان الدقيقة التي تسمىّ المدورات (النيماتودا) .
نبذة تاريخية. فول الصويا أقدم المحاصيل التي زرعها الإنسان. ويعتقد المؤرخون أن منطقة شرقي آسيا هي أولى المناطق التي زُرع بها نبات فول الصويا قبل حوالي 5000عام. وقد اعتبر الصينيون القدماء فول الصويا أهم محصول، وكان أحد خمسة محاصيل مقدسة، عندهم، وضرورية للحياة.