ذهب رئيس الوزراء المنتخب للتفاوض معه بإثيوبيا ولم تسفر المفاوضات عن شيء ذي بال. وقد التقى جون قرنق عام 1989م في كوكدام بإثيوبيا بالسيد محمد عثمان الميرغني ممثلًا لحزب الاتحاد الديمقراطي، ووقعا معًا اتفاقية كوكدام التي كان من أبرز بنودها اتفاق الطرفين على إلغاء قوانين الشريعة الإسلامية التي أجازتها حكومة الفريق جعفر نميري. دعته حكومة الفريق عمر البشير العسكرية إلى المفاوضات السلمية في أكثر من قطر إفريقي ولم تسفر المفاوضات بين الطرفين عن حل للمشكلة أو اتفاق حول القناعات المشتركة لأن قرنق يقول بأنه لا يمكن الوصول إلى حل لمشكلة جنوب السودان إلا إذا أُبعد الدين الإسلامي عن الحياة السياسية (مبدأ فصل الدين عن الدولة) .
وفي عام 1993م، انشقت حركته المسلحة إلى عدة فصائل، وتحصَّن كل فصيل بالقبيلة التي ينتمي إليها. وتخلى جون قرنق عن بعض شعاراته الوحدوية، وأصبح ينادي بحق تقرير المصير لجنوب السودان إذا لم توافق الحكومة السودانية على قيام الدولة العلمانية في السودان. رفض اتفاقية الخرطوم للسلام رغم توقيع قادة سبعة فصائل جنوبية عليها في 1997م.
انظر أيضًا: السودان، تاريخ.