وقد زادت الانتفاضة الفلسطينية ضراوة في قطاع غزة وباقي مدن الضفة الغربية مما جعل سلطات الاحتلال في ظروف عسكرية صعبة؛ نظرًا لكثرة خسائرها من الجنود والمستوطنين اليهود. وكان هذا بداية لقبول إسرائيل الانسحاب من قطاع غزة حتى تتخلص من تبعات البقاء فيه. ووقع بعد ذلك الاتفاق الفلسطيني الإسرائيلي (مايو 1994م) بشأن الحكم الذاتي في غزة وأريحا. وأخيرًا دخلت السلطة الفلسطينية إلى قطاع غزة وأريحا لتباشر مسؤوليتها في الحكم الذاتي الفلسطيني في يوليو 1994م. أدى انتخاب نتيناهو رئيسًا لوزراء إسرائيل في 29 مايو 1996م إلى تعثر مفاوضات السلام على المسار الفلسطيني، بل توقفها تمامًا عام 1998م. وكان من المؤمل، حسب الاتفاقية، أن تتسع منطقة الحكم الذاتي الفلسطيني بعد انسحاب قوات الاحتلال من بعض المناطق. وفي ديسمبر 1998م، تم إنشاء مطار فلسطيني في مدينة رفح بقطاع غزة. ولكن ظلت السلطات الإسرائيلية تغلقه وقت تشاء. وعندما دنس مجرم الحرب آرييل شارون حرم المسجد الأقصى في سبتمبر 2000م، انتظمت انتفاضة الأقصى كل المناطق بما فيها قطاع غزة. سقط مئات الشهداء وآلاف الجرحى من أبناء القطاع الفلسطينيين. زاد بطش جنود الاحتلال الإسرائيلي بعد انتخاب السفاح آرييل شارون رئيسًا لوزراء إسرائيل.
انظر أيضًا: فلسطين المحتلة؛ فلسطين، تاريخ؛ إسرائيل.