وفي الرابع والعشرين من مايو، هبّت عاصفة وفرقّت الأسطول. وقد فقدت أربع سفن، ولكن إحداها وصلت مدغشقر. أما السفن الست الأخرى فقد تلاقت في موزمبيق وتابعت إبحارها بمحاذاة الشاطئ الإفريقي شمالًا، واجتاز الأسطول المحيط الهندي ووصل إلى كلكتا بالهند في 13 سبتمبر. وهناك، قُتل عدد من بحارته في معركة مع مجموعة من التجار العرب. ثم أبحر أسطول كابرال إلى مدينتي كوشين وكانانور في الهند حيث حمّلت السفن بالبهارات.
وعاد الأسطول إلى لشبونة في 23 يونيو عام 1501م. وقد نظر الملك مانويل الأول في تعيين كابرال قائدًا لرحلة كشفية أخرى إلى الهند، ولكنه اختار دا جاما بدلًا منه. وقد تقاعد كابرال بعد ذلك من الخدمة في البلاط الملكي.