وأسهمت وعورة التضاريس في عزل معظم المستوطنات في غرناطة الجديدة، مما جعل من الصعب توحيد المستعمرة والسيطرة عليها. وفي عام 1564م قامت الحكومة الأسبانية بتعيين رئيس ليحكم المستعمرة. وفي عام 1717م دمجت أسبانيا المستعمرة والمناطق المجاورة لتصبح مستعمرة كبيرة واحدة أطلقت عليها ولاية غرناطة الجديدة.
وكانت هذه الولاية تتألف مما يعرف الآن بكولومبيا وفنزويلا والإكوادور وبنما، وكانت بوجوتا هي العاصمة.
الاستقلال. على الرغم من تربع بعض الرؤساء القديرين على سدة الحكم في مملكة غرناطة الجديدة فإن العديد من المستعمرين كانوا يكرهون الحكم الأسباني. ففي عامي 1780م و 1781م قام العديد من الناس بالاحتجاج بعنف على الضرائب الجديدة؛ فقامت أسبانيا بسحق التمرد، إلا أن حركةً من أجل الاستقلال كانت قد بدأت.
أعلنت معظم أجزاء ولاية غرناطة الجديدة استقلالها في عام 1810م. وقام الجيش الفرنسي باحتلال أسبانيا في ذلك الوقت، واستفادت المستعمرات الأسبانية في أمريكا الجنوبية من ضعف الوطن الأم فأعلنت استقلالها. فأرسلت أسبانيا قوات إلى أمريكا الجنوبية بعد هزيمة فرنسا في عام1814م، تلا ذلك قتال مرير.
وفي عام 1819م هزم الجنرال الفنزويلي سيمون بوليفار أسبانيا في معركة بوياكا إلى الشمال من بوجوتا. وعندئذ أصبح بوليفار أول رئيس لكولومبيا العظمى التي كانت تتألف من أراضي ولاية غرناطة الجديدة. وقد تم اختيار اسم كولومبيا إحياء لذكرى كريستوفر كولمبوس. ولم تستمر كولومبيا العظمى إلا فترة قصيرة. ولم يأتِ عام 1830م حتى كانت فنزويلا والإكوادور قد انفصلتا عنها وأصبحتا دولتين مستقلتين.
الاضطرابات السياسية. عكّرت الفوضى السياسية صفو كولومبيا منذ بدايتها كدولة مستقلة. فقد تفجّرت الصراعات حول مدى القوة التي ينبغي أن تكون عليها الحكومة المركزية والنفوذ الذي يجب أن تمارسه الكنيسة الكاثوليكية على الحكومة.