تمثلت مشاكل الأمة الجديدة في الحساسيات بين الجماعات العرقية، فقد حدث صراع بين القرغيز والأوزبك بسبب ادعاءات ملكية الأرض والمنازعات الأخرى. وفي عام 1990م اندلع العنف بين المجموعتين، مؤديًا إلى سقوط مئات القتلى. وقد أعلنت الحكومة حالة الطوارئ ولم ترفعها إلا في عام 1995م. يذكر أن الرئيس عسكر أكاييف ظل يحكم البلاد منذ استقلالها.
انظر أيضًا: تيان شان؛ كومنولث الدول المستقلة.