وفي عام 1953م، اتهم كينياتا بتهمة قيادة الحركة، وسجن في منطقة نائية في كينيا. واستمر القتال في كينيا حتى عام 1956م. ووفقًا لما ورد في الإحصاءات الرسمية، فقد قُتل في هذه المواجهات 11,500 شخص من الوطنيين و95 أوروبيًا و29 آسيويًا و2000 من الأفارقة الآخرين الذين كانوا يؤيدون الحكومة.
وخلال أواخر الخمسينيات من القرن العشرين، بدأت كل المجموعات العرقية في كينيا بالمطالبة بالحكم للأفارقة، وما لبثت الحكومة البريطانية أن وافقت على هذا المطلب.
وفي فبراير عام 1961م، أجريت انتخابات لاختيار أعضاء للبرلمان، فاز فيها حزب كينياتا (كاو) وهو الاتحاد الإفريقي الوطني لكينيا (كانو) ، ولكن الحزب رفض تسلم السلطة إلا بعد الإفراج عن جومو كينياتا، ولكن البريطانيين لم يفرجوا عنه إلا في أغسطس عام 1961م. ونتيجة لذلك شكّل الحزب المنافس للاتحاد الإفريقي الديمقراطي لكينيا (كادو) الحكومة.
الاستقلال. حصلت كينيا على الاستقلال من إنجلترا في 12 ديسمبر عام 1963م، ونص الدستور الجديد على قيام ملكية دستورية. وفي الانتخابات التي أجريت بعد الاستقلال، فاز حزب كانو وأصبح كينياتا رئيسًا للوزراء. وفي عام 1964م، تحولت كينيا إلى جمهورية وأصبح كينياتا رئيسًا للجمهورية.