وبعد الاستقلال بقليل، نشأ خلاف على الحدود بين كينيا وجارتها الصومال، تسبب في نشوب قتال بينهما، ولكن القتال توقف بين الطرفين عام 1967م. وفي العام نفسه، كونت كينيا وتنزانيا وأوغندا تجمع شرق إفريقيا. وقد تم إنشاء هذه المنظمة لتطوير التجارة بين الأقطار الثلاثة، وكانت تتضمن ترتيبات للإدارة المشتركة لبعض المرافق كالسكك الحديدية والمطارات، غير أن توتر العلاقات بين الدول الأعضاء أدى إلى إنهاء أعمال المنظمة عام 1977م.
كينيا اليوم. بالرغم من أن كينيا قد حققت الكثير من التقدم الاقتصادي منذ الاستقلال، إلا أنها ما تزال تواجه مشكلات كبيرة؛ فالأراضي الصالحة للزراعة فيها لاتتجاوز خمس مساحة البلاد، كما أن عدد سكانها يتزايد بمعدل سريع؛ لذلك فإن الحاجة إلى إيجاد الوسائل لإطعام الأعداد المتزايدة من السكان ربما يكون أكبر تحد يواجه البلاد.