توجد مدينتا كالوكان ونافوتاس في شمال مانيلا، ومدينة كايزون سيتي في الشمال الشرقي، كما توجد مدينتا سان خوان ومندَ لويونَغ في الشرق، ومدينتا باسي وماكاتي في الجنوب الشرقي. مناخ مانيلا رطب واستوائي ويتميز بوجود فصول رطبة وأخرى جافة. يستمر المناخ الرطب من شهر يونيو حتى شهر نوفمبر، ويستمر المناخ الجاف من شهر ديسمبر حتى شهر مايو. أكثر الشهور حرارة أبريل ومايو، كما أن أكثر الشهور برودة يناير وفبراير. أما درجات الحرارة فهي تختلف بين شهر وآخر، وعادة ما تكون الليالي لطيفة بسبب هبوب نسيم البر والبحر. وأكثر الشهور رطوبة يوليو وأغسطس وأكثر الشهور جفافًا أبريل ومايو.
تحمي المدينة جبال سييرامادر وجبال شبه جزيرة باتان من أعاصير التيفون غربي خليج مانيلا. تعتبر مانيلا ذات موقع متميز كمنفذ بحري، ففيها ميناء محمي قريب من المناطق الزراعية الخصبة في وسط وشمال لوزون.
التطور العمراني والمواصلات. أعدَّ المهندس المعماري الأمريكي دانيل بيرنهام مخططًا لمدينة مانيلا عام 1904م انظر: بيرنهام، دانيل هدسون. وقد تضمنت خطة هذا المهندس خمسة عناصر متكاملة، هي: 1- توسيع الأراضي المتاخمة للمياه، وإيجاد مواقع للحدائق العامة لإقامة أماكن ترويح مناسبة في كل حي من أحياء المدينة 2- إنشاء شبكة طرق تسمح بربط كل منطقة في المدينة بشكل مباشر وسهل 3- تحديد مواقع البناء للأغراض المتعددة 4- توسيع الممرات المائية لاستخدامها في حركة النقل 5- إقامة منتجعات صيفية.