لكن المدينة تطورت بطريقة أقل تنظيمًا مما تضمنته خطة بيرنهام، فقد أقيمت المنطقة التجارية الرئيسية داخل مجمعات الأسواق في منطقتي كيابو وسانتا كروز الواقعتين في وسط المدينة حيث تلتقي معظم خطوط المواصلات في جميع أنحاء المدينة عند هاتين المنطقتين. يفصل نهر باسيغ المدينة إلى أربع عشرة منطقة إدارية. تقع في شمال النهر توندو وسان نيكولاس وبينوندو وسانتا كروز وكيابو وسان ميغيل وسامبالوك، أما في الجنوب فهناك منطقة الميناء وإنتراموروس وإرميتا ومالاتي وباكو وبند كان وسانتا آنا. وتربط ستة جسور هاتين المنطقتين من المدينة، وهذه الجسور هي: روكساس وجونز وماك آرثر وكايزون وأيالا ومابيني.
لكل منطقة ـ ما عدا منطقة الميناء ـ مركزها التجاري الخاص بها وكنائسها ومدارسها. وتعتبر مناطق كيابو وسانتا كروز وسان نيكولاس وبينوندو المراكز التجارية الرئيسية. ويعيش كثير من الناس في منطقة توندو التي تقع على الشاطئ الشمالي، وهي ميناء دخول للسفن القادمة من الموانئ الداخلية. يوجد قصر مالانكا نانغ في منطقة سان ميغيل، وكان هذا القصر مقرًا لإقامة الحكام الأسبان والأمريكيين وهو الآن مقر للرئيس الفلبيني. وهناك عدة جامعات في منطقة سامبالوك مثل جامعة سانتا توماس والجامعة الوطنية وجامعة مانيلا وجامعة الشرق.